本校學區隸屬秀林村,位於立霧溪出海口右岸,太魯閣大橋南端,是蘇花公路必經之地,臨近中外知名的太魯閣國家公園與鄉鎮中心,匯聚許多從事太魯閣文化藝術的創作者,有木雕藝術、編織藝術、傳統樂舞、傳統樂器、傳統風味美食、民宿經營者的導覽解說等。
早期太魯閣族人將鄉內自己的生存區域分為內、外太魯閣、巴托蘭等三區,大凡居住在今布落灣(Bruwan)、巴達干(Ptakan)舊社以西至大禹嶺之間者為內太魯閣人,以布落灣、巴達干(含)以東至海岸,北起和平村南至水源村沿海、靠山麓地區為外太魯閣區人;住在木瓜溪流域地區者稱巴托蘭區人。臺灣光復後,沿襲日人稱呼為巴拉丹,屬新城鄉,民國35年改隸秀林鄉,更名為秀林。
而本校前身為1934年成立武士林蕃童教育所,1945年更名為秀林國民學校,1968年實施國民義務教育改制為「花蓮縣秀林國民小學」至今。故此,本校位於地靈人傑之處,致力推展原住民文化教育不遺餘力,重視射箭、織布與紋面文化,積極推動木琴、口簧琴與舞蹈表演;此外,落實母語傳承更是本校教育使命,期讓學童具備母語聽說讀寫能力,以傳承在地文化、認同及肯定自身族群。